После изменения  схемотехники, после трассировки в PCB изменяются координаты  отверстий и прочих полигонов. Соответственно выводится ошибка DRC о не соответствии правил размеров между полигонами, дорожками и прочим.
Отсюда и вопрос - почему это!
            
                        
            
                                    
              
                Chrome
                  88.0.4324.150
                Windows
                  7
                                EasyEDA
                  6.4.19.5